Phòng Kế hoạch Tổng hợp được thành lập ngay từ ngày đầu thành lập Bệnh viện với tên gọi là Phòng Y vụ. Phòng được thành lập để giúp Ban giám đốc giải quyết các công việc về nghiệp vụ chuyên môn, quản lý hồ sơ bệnh án, giải quyết người bệnh tử vong, trích sao bệnh án. Từ năm 1997, bộ phận Điều dưỡng và Giải phẫu bệnh được tách ra khỏi phòng Y vụ. Từ đó phòng Y vụ được đổi tên thành phòng Kế hoạch tổng hợp.

Phòng hiện có 19 cán bộ, có 3 tổ chuyên môn gồm Tổ báo cáo thống kê; Tổ ra soát bệnh án; Tổ tin học. Hiện nay, Phòng kế hoạch tổng hợp của Bệnh viện là phòng nghiệp vụ chịu sự lãnh đạo trực tiếp của giám đốc bệnh viện  với các nhiệm vụ chính: Tổ chức, theo dõi, đôn dốc, đánh giá hiệu quả việc thực hiện kế hoạch của bệnh viện; đôn đốc và kiểm tra việc thực hiện quy chế bệnh viện; tổ chức chỉ đạo công tác nghiệp vụ chuyên môn bệnh viện; nghiên cứu khoa học; tổ chức  đào tạo chỉ đạo tuyến, hợp tác quốc tế; công tác thống kê báo cáo, lưu trữ; triển khai ứng dụng công nghệ thông tin trong quản lý …

Trong thời gian tới, phòng tiếp tục tham mưu xây dựng quy hoạch phát triển chuyên môn kỹ thuật của bệnh viện; nâng cao ứng dụng công nghệ thông tin trong quản lý bệnh viện; xây dựng và triển khai kế hoạch  cải tiến nâng cao chất lượng bệnh viện.