Khoa Chống nhiễm khuẩn được thành lập từ ngày 4-5-1999, đến tháng 10 năm 2009 đổi tên thành khoa Kiểm soát kiểm khuẩn theo quy định của Bộ Y tế.

Khoa có cơ sở hạ tầng khang trang, sạch sẽ, liên hoàn đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ, được trang bị nồi hấp Hasaky KA300-DR để hấp sấy dụng cụ và các máy giặt, máy sấy công nghiệp để giặt và hấp sấy dụng cụ phục vụ cho các khoa  trong toàn Bệnh viện. Trong các chức năng, nhiệm vụ của mình thì giám sát nhiễm khuẩn Bệnh viện là nhiệm vụ trọng tâm hàng đầu của khoa Kiểm soát nhiễm khuẩn. Bên cạnh việc tổ chức giám sát nhiễm khuẩn bệnh viện một cách chặt chẽ, phát hiện và báo cáo, Khoa còn đề xuất các biện pháp can thiệp kịp thời nhằm hạn chế tối đa nhiễm khuẩn bệnh viện liên quan đến chăm sóc y tế.

Định hướng trong thời gian tới, Khoa tiếp tục xây dựng các quy định, quy trình  về công tác kiểm soát nhiễm khuẩn để phù hợp với tình hình thực tế Bệnh viện, đẩy mạnh công tác đào tạo và tăng cường hệ thống giám sát đảm bảo hiệu quả và chất lượng cao; tăng cường hệ thống tổ chức thực hiện công tác kiểm soát nhiễm khuẩn tại Bệnh viện; chuẩn hóa, nâng cao kiến thức và sự tuân thủ thực hành kiểm soát nhiễm khuẩn cho nhân viên y tế trong Bệnh viện; xây dựng và phát triển bộ phận khử khuẩn - tiệt khuẩn thành Trung tâm tiệt khuẩn đạt tiêu chuẩn...